Während der nationalsozialistisch-faschistischen Besatzung wurde das Marassi-Gefängnis in Genua zu einem zentralen Ort für die politische Unterdrückung und Verfolgung von Partisanen, jüdischen Gegnern und Antifaschisten. Die Abteilung IV des Gefängnisses, die für politische Gefangene vorgesehen war, wurde direkt von den Nazis verwaltet und wurde zu einem Zentrum für Inhaftierung, Folter und Deportation. Diese desaströsen Aufgaben waren Part der Operationen von Siegfried Engel, dem Leiter des Außenkommandos Sicherheitsdienst in Genua, das sich für die Bekämpfung des Widerstand und für die Bevölkerungskontrolle einsetzte.

Engel, der im Januar 1944 das Kommando übernahm, betrieb eine Politik des Terrors mit rücksichtslosen Razzien und Repressalien. Zu den schlimmsten Momenten gehörten zwei Vergeltungsaktionen: In der Nacht vom 2. auf den 3. Dezember 1944 wurden 22 Partisanen aus der Sektion IV entführt und in Portofino als Rache für die Tötung von 21 Soldaten der Republik Saló erschossen. Einige Monate später, in der Nacht vom 22. auf den 23. März 1945, wurden in der Nähe von Cravasco weitere 20 Gefangene hingerichtet, nachdem neun deutsche Soldaten bei einer Zusammenstoß mit Partisanen getötet worden waren. Diese Ereignisse, die im Diario da Marassi (Tagebuch aus Marassi) von General Remigio Vigliero aufgeführt sind, zeigen das Klima der Angst und der Gewalt, das in dem Gefängnis herrschte.

In Marassi wurde systematisch gefoltert, um Informationen zu erhalten oder einfach nur um Schmerzen zuzufügen. Die deutsche Führung unter Offizieren wie Ernest Poikert und später Marschall Lassner wurde von italienischen Kollaborateuren unterstützt. Einer von ihnen war Giuseppe Nicoletti, ein ehemaliger Kellner aus Bozen, der nicht nur als Dolmetscher fungierte, sondern die Häftlinge auch persönlich mit brutalen Methoden folterte und so dazu beitrug, ein Klima des Terrors zu schaffen.

Das Gefängnis war auch Schauplatz von Judendeportationen. Im Februar 1944 ordnete der Leiter der Provinz Genua die Verlegung der Juden nach Marassi an und stellte sie „dem SS-Kommando Genua zur Verfügung“. Viele von ihnen, die bei oft erfolglosen Razzien verhaftet worden waren, wurden dann nach Mailand überstellt und schließlich in Vernichtungslager deportiert, darunter auch Auschwitz.

Marassi war nicht nur ein Ort der Inhaftierung, sondern auch ein Teil des nationalsozialistischen Unterdrückungssystems in der Region Ligurien. Engel organisierte ein Spionage- und Gegenspionagenetzwerk, Teams aus SS-Männern und Faschisten, die als Partisanen getarnt waren, um Widerstandsformationen zu infiltrieren und Informationen zu sammeln. Die Gefängnisstruktur wurde so zu einem Knotenpunkt im Kampf gegen den Widerstand und die systematische Verfolgung von politischen Gegnern und Juden.